Đến năm 1908, nhân dân Trung Kỳ đang điêu đứng vì nạn sưu thuế, đã đứng lên làm cuộc đấu tranh "chống đi phu, đòi giảm sưu thuế" (sử Việt thường gọi là Phong trào chống sưu thuế Trung Kỳ). Khởi đầu là ở các huyện Đại Lộc, Thăng Bình, Tam Kỳ, Hòa Vang, Duy Xuyên thuộc tỉnh Quảng Nam; rồi lan ra các tỉnh Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Thừa Thiên, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh...

Khi nổ ra phong trào chống sưu thuế Trung Kỳ, do các lãnh đạo chủ chốt của phong trào kháng thuế cũng đồng thời tham gia phong trào Duy Tân và do lo sợ phong trào Duy Tân ảnh hưởng xấu đến nền cai trị nên chính quyền thực dân Pháp và triều đình nhà Nguyễn thẳng tay đàn áp. Họ ra lệnh phải đóng cửa các trường học, giải tán các hội buôn. Đồng thời cho lính đi lùng sục bắt bớ hàng trăm người có liên quan, trong đó các thành viên lãnh đạo phong trào Duy Tân. Một số người có liên quan đến phong trào chống sưu thuế Trung Kỳ bị chính quyền nhà Nguyễn tại các tỉnh kết án tử hình, như Trần Quý Cáp, Lê Khiết, Nguyễn Bá Loan... Những người khác chỉ tham gia phong trào Duy Tân bị đày đi Côn Đảo (trong số đó có Phan Châu Trinh[12], Huỳnh Thúc Kháng, Trần Cao Vân, Ngô Đức Kế...) hay Lao Bảo. Đến cuối tháng 5 năm 1908, cuộc đấu tranh chống sưu thuế và phong trào Duy Tân đều kết thúc.

Mặc dù thất bại, nhưng nhìn chung, cuộc vận động Duy Tân ở Trung Kỳ đã khẳng định sức thu hút mạnh mẽ của tư tưởng duy tân, có ảnh hưởng lớn đến trình độ giác ngộ và tinh thần đấu tranh của nhân dân đòi cải cách đời sống về mọi mặt. Bên cạnh đó, qua phong trào còn cho thấy vai trò lãnh đạo của những sĩ phu tiến bộ...[13]